Komponent B – współpraca transnarodowa między władzami krajowymi, regionalnymi i lokalnymi w ramach dużych regionów paneuropejskich, mająca na celu zrównoważony i skoordynowany rozwój przestrzenny. W ramach komponentu B tworzone są możliwości dla rozwoju infrastruktury transeuropejskiej, opracowania strategii rozwoju przestrzennego w skali międzynarodowej, przy uwzględnieniu współpracy miast i obszarów wiejskich służącej zrównoważonemu rozwojowi. Ponadto, finansowane są projekty z zakresu ochrony środowiska i rozwoju społeczeństwa informacyjnego. Większość realizowanych projektów to projekty „miękkie”, stanowiące przygotowanie do przedsięwzięć infrastrukturalnych, wdrażanych w ramach regionalnych lub krajowych programów finansowanych z funduszy strukturalnych.